A temporada pelo Anápolis foi marcada por conquistas e uma participação importante na campanha da equipe. Juninho fez parte do elenco campeão da Copa Centro-Oeste e que terminou a Copa Verde na segunda colocação. Na Série C, o meia também foi peça fundamental para a permanência do clube na competição em 2027.
Ao longo de 2026, Juninho disputou 29 partidas, marcou cinco gols e deu três assistências. Foi o melhor desempenho do jogador nos últimos anos. Com a transferência para o Londrina, ele passa a integrar um clube que disputa a Série B e será adversário de Goiás, Vila Nova e Atlético na competição. Além do Anápolis, Juninho já defendeu Paysandu, Tuna Luso, Castanhal e Capital-DF.